Большинство террорестических организаций на территории России так или иначе связаны с чеченскими боевиками. Во-первых, это Конгресс народов Ичкерии и Дагестана (КНИД) - исламистская террористическая организация, созданная в 1998 году Шамилем Басаевым и Мовлади Удуговым.
В силу того, что большинство лидеров (Басаев, Хаттаб, Масхадов)были уничтожены- организация сейчас не действует. В 2006 году объявили, что деятельность КНИД пресечена.
В последнее время лидером боевиков является президент Ичкерии Доку Умаров. В 2007 году он упразднил Ичкерию, одновременно провозгласив создание «Имарата Кавказ» (Кавказского эмирата).
В отличие от Ичкерии целью Кавказкого эмирата является не провозглашение независимого государства по национальному признаку, а создание исламистского государства на территории Чечни, Ингушетии, Дагестана и других северокавказских республик. В феврале 2010 года «Имарат Кавказ» был признан ВС РФ террористической организацией.
В мае 2005 года был создан Кавказский фронт, куда вошла сеть боевых джамаатов, с которыми с переменными успехами воюют силовики. Так, в 2005 году Кабардино-Балкарский джамаат едва не захватил Нальчик, сейчас нападавших судят, а амир джамаата Анзор Астемиров был убит в 2010 году.
В 2009 году возродилась боевая группа Басаева «Риядус Салихийн». Она взяла на себя ответственность за такие теракты как, подрыв «Невского экспресса», аварию на СШГЭС и теракты в московском метро. По данным ФСБ, «Риядус Салихийн» входит в состав террористической организации Высший военный Маджлисуль Шура Объединенных сил моджахедов Кавказа — военно-политическая террористическая организация, сформированная в начале 2001 года на базе террористической группы «Конгресс народов Ичкерии и Дагестана. Она тоже есть в списке терроистических организаций.
Еще одной признанной террористической организацией является «Хизб ут-Тахрир аль-Ислами». В основном она действует на территории Средней Азии, однако и в России, по данным силовиков, есть ее агенты. Так, в октябре 2008 года Национальный антитеррористический комитет сообщил, что за год был привлечён к ответственности 31 член группировки в Татарстане, Башкирии, Курганской и Челябинской областях.
Не так давно в России появился и активно действуют ультра-правые террористы. В частности, организация «Легион вервольф» пыталась еще в 1994 году совершить теракт в спорткомплексе «Олимпийский» и намеревались провести теракты в некоторых кинотеатрах. В 2006 году националисты из организации «Спас» совершили взрыв на Черкизовском рынке, погибли 14 человек. Брали на себя ответственность националисты и за подрыв «Невского экспресса»
